1953年全国高等学校院系调整，华西大学更名“四川医学院”，由综合性大学改组为多专业的医药院校，设医学、口腔、卫生、药学4系及综合性附属医院1所。医学院改为医疗系，1965年改称医学系。同时，通过对华西协合大学各教学医院的合并和调整，位于国学巷的附属医院得到充实、完备，发展成为一家大型综合性教学医院，改名四川医学院附属医院，老百姓简称川医。

从1951年开始，中国政府提出，要系统地移植苏联的教育模式，按照苏联的高等教育集权管理、高等教育国有体制和高度分工的专门教育体系来构建中国的高教制度。

原华西大学调整情况如下：

1、华西大学文理学院调入川大。华西大学藏品丰富的历史博物馆则调整到川大。

2、华西大学农学系科与相辉农学院、省立教育学院农学系科合并成立西南农学院。

3、华西大学财经系调入参与组建四川财经学院。

4、华西大学化工轻工等系并入四川化工学院。

5、华西大学社会学系及民族学（人类学）组于半年后从四川大学划并入西南民族学院。图书馆众多教会英文文献转入当时西南民族学院图书室。

6、华西大学家政系并入西南师范学院。

7、华西大学中文系、历史系、化学系、教育系部分师生调入四川师范学院。

8、1955年，华西大学医学类学科，接收山东医学院药学专业、浙江医学院卫生专业，以及回归华西的重庆大学医学类专业，调整成为四川医学院。（注：重庆大学医学院于1946年由华西协合大学应邀派一批华西教授支援创建，几年后又因院系调整回到了华西）。