2016年，医院/医学院在教育部一级学科评估中取得以下成绩：临床医学排名A-，中西医结合医学排名B+，护理学排名A-。

2018年，Nature出版集团发布了2018自然指数排行榜，华西医院以9.97的分数计数（FC）、43篇高水平的学术论文（AC）再次荣登国内医疗机构榜首，世界排名第52。

四川大学临床医学ESI从2018年3月起进入全球前1‰，截止2019年5月排名全球第359、国内第8。医学QS排名进入251-300。中国最佳医院综合排行榜，华西医院连续九年排名第二。2017年度中国医院最佳专科排行榜，在专科声誉榜方面，麻醉科连续九年排名第一，放射科和急诊医学排名第二，神经外科、泌尿外科、普通外科、康复医学、老年医学、病理学、超声医学排名第三，共有10个专科排名前三，有17个专科排名前五，有28个专科排名前十，覆盖率超过涉及专科的75%；在专科综合榜方面，麻醉科、放射科排名第一，普通外科、病理科、急诊医学、泌尿外科排名第二，神经外科、核医学、检验医学、康复医学、老年医学排名第三，共有11个专科排名前三，有17个专科排名前五，有27个专科排名前十，覆盖率超过涉及专科的72%。